Το 1999 έρχεται με οδηγό τον Καποδίστρια. Δημιουργείται ο ευρύτερος Δήμος Πολιχνίτου με πρώτο Δήμαρχο τον αείμνηστο Στρατή Γιαννέλλη. Η μέχρι τότε επιτροπή για το στήσιμο της Συλλογής είναι ως να μην υπήρξε ποτέ. Ο Κώστας Ταξείδης με τον Δήμαρχο και φυσικά την καθοδήγηση του Μιχάλη Δερμιτζάκη καθορίζουν την πορεία της Συλλογής.
Οι νέοι Δήμοι χρηματοδοτούνται και η Συλλογή (ως σύνολο χώρου και εκθεμάτων) που έχει εμπλουτισθεί και με νέα ευρήματα ανακαινίζεται και διευρύνεται. Ο Πολιτιστικός Σύλλογος που είχε διατηρήσει την Βιβλιοθήκη του Κ. Τσέλεκα στον διάδρομο του κτιρίου και ένα μέρος των εκθεμάτων του Λαογραφικού του Μουσείου στα υπόγεια εγκαταλείπει ολοσχερώς τον χώρο (δηλαδή το παλιό Παρθεναγωγείο του χωριού). Η χρήση του κτιρίου καθώς και του ορόφου του κτιρίου της Αγροτολέσχης παραχωρείται από τον Δήμο στο Πανεπιστήμιο.
Φυσικά αυτές οι αλλαγές δικαιολογούν νέα εγκαίνια για τη Συλλογή και παράθεση πλούσιου γεύματος στους προσκεκλημένους.
Κάπου εδώ ξεφυτρώνει το όνειρο. Η Συλλογή θα μετεξελιχθεί σε Πανεπιστημιακό Κέντρο Έρευνας και Εκπαίδευσης. Χρειάζεται νέο, πολύ μεγάλο, κτίριο και επομένως μεγάλο οικόπεδο για να αναγερθεί. Επιλέγεται αρχικά η περιοχή της Μαχμουτής, όπου χωριανοί προσφέρουν δωρεάν ή έναντι μικρού τιμήματος τα χωράφια τους στο Πανεπιστήμιο. Επειδή αρχικά δεν συγκεντρώνεται η έκταση που απαιτείται αρχίζει η προσπάθεια να βρεθεί σε άλλο μέρος κατάλληλη έκταση. Το όλο θέμα αρχίζει να καλύπτεται από μια μυστικοπάθεια.
Τελικά συγκεντρώνεται στην Μαχμουτή η απαιτούμενη έκταση, βγαίνουν τα σχέδια και …καρκινοβατεί η υπόθεση καθώς ξεσπά μια κόντρα ανάμεσα στο ΕΚΠΑ και στις τοπικές αρχές (Νομαρχία και Περιφέρεια). Στην Αθήνα δημιουργείται μια επιτροπή φίλων του Πανεπιστημιακού Κέντρου Βρίσας, η οποία τον Μάρτιο του 2007 βγάζει ένα πολύ αιχμηρό δελτίο τύπου στο οποίο κατηγορεί το Πανεπιστήμιο για την “ασυνέχεια και ασυνέπεια στις αποφάσεις του” και ζητεί να ενταθούν οι προσπάθειες απ’ όλες τις πλευρές ώστε να μεταπειστούν οι πρυτανικές αρχές.
Αυτά τα θέματα γύρω από το Πανεπιστημιακό Κέντρο (που τώρα φαίνεται -τουλάχιστον στα λόγια- να νεκρανασταίνεται) τα γνωρίζουν πολύ καλύτερα ο Σύλλογος της Αθήνας και ο τότε Πρόεδρος του Βασίλης Ψαριανός.



